毛細管區帶電泳(CZE)為HPCE的基本操作模式，一般采用磷酸鹽或硼酸鹽緩沖液，實驗條件包括緩沖液濃度、pH值、電壓、溫度、改性劑(乙腈、甲醇等)，用于對帶電物質(藥物、蛋白質、肽類等)分離分析，對于中性物質無法實現分離。毛細管膠束電動色譜(MECC)為一種基于膠束增溶和電動遷移的新型液體色譜，在緩沖液中加入離子型表面活性劑作為膠束劑，利用溶質分子在水相和膠束相分配的差異進行分離，拓寬了CZE的應用范圍，適合于中性物質的分離，亦可區別手性化合物，可用于氨基酸、肽類、小分子物質、手性物質、藥物樣品及體液樣品的分析。
毛細管等速電泳(CITP)采用先導電解質和后繼電解質，構成不連續緩沖體系，基于溶質的電泳淌度差異進行分離，常用于離子型物質(如有機酸)，并因適用較大內徑的毛細管而可用于微制備，但本法空間分辨率較差。毛細管等電聚焦電泳(CIEF)用于具兼性離子的樣品(蛋白質、肽類)，等電點僅差0.001可分離的物質。毛細管凝膠電泳(CGE)依據大分子物質的分子量大小進行分離，主要用于蛋白質、核苷酸片段的分離。此外，還有毛細管電色譜(CEC)及非水毛細管電泳(CNACE)，用于水溶性差的物質和水中難進行反應的分析研究。目前CZE和MECC用得較多，本文以這兩種方法為例來說明HPLC的原理。
工作原理：
毛細管兩端分別浸入緩沖液中，而緩沖液中分別插入連有高壓電源的電極，根據被分離物之間電荷和體積的不同，帶電荷分子朝相反極性的電極方向移動。又利用毛細管內壁上的電荷和應用的勢能而引起的電解質移動，毛細管內表面帶有硅羥基基團，當毛細管內充滿緩沖溶液時，毛細管壁上的硅羥基發生解離，生成氫離子溶解在溶液中，這樣就使毛細管壁上形成雙電層，管壁是負電荷層，溶液是正電荷層。在毛細管的兩端加上直流電場后，帶正電的溶液就會整體向負極的一端移動，形成了電滲流。無論是帶正電、帶負電或不帶電的粒子，都在電滲流的作用下，向陰極遷移，帶正電的，受到同方向的電場力作用，遷移快，不帶電的遷移速度次之，帶負電的遷移速度慢，從而實現各蛋白組分的分離。
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